Тоолуу рельефтеринин татаалдыгы жана экологиялык табигый шарттарынын көп кырдуулугу Кыргызстандын жеринин кыртыштык-өсүмдүк катмарынын жана жаныбарлар дүйнөсүнүн өтө ар түрдүүлүгүн шарттайт. Анын аймагында чөлдөр, талаа-түздөр, токойлор, шалбаалар, бадалдуу өсүмдүктөр, саздар, тоо  тундралары жана башка өсүмдүктөрдүн түрлөрү кездешет. Жаратылыштын  башка компоненттери сыяктуу эле өсүмдүктөрдүн жайгашуусу аймактык факторлорго жана бийик тоого  гана байланышпастан, албетте, жер шартынын чөлкөмдүн өзгөчөлүгүнө: тоо кыркаларынын, ой-түздөрдүн жайгашуусуна, жер кыртышындагы топурактын курамына жана мүнөзүнө да жараша болот. Тоолор рельефтик жана жайгашуу өзгөчөлүктөрүнө жараша ландшафттарынын өтө ар түрдүүлүгү, бийиктиктерине жараша катмарланып жатышы менен айырмаланып турат. Ал эми анын тескерисинче, климатынын кургактыгынан жана түнөрүп турушунан улам тоо  арасындагы ойдуңдар жана тайпак тоолордун өсүмдүк каптап жаткан жер кыртыштары бир кылка көрүнүштө болот. Алардын бийиктик алкактуулугу бийик тоолордукундай болуп кескин түрдө айырмаланып турбайт.

Тоо арасындагы ойдуңдардын эң төмөнкү гипсометриялык бөлүгүндө (400 – 1300 м) кургак жана аптаптуу чөлдөр жатат. Чүй жана Талас өрөөндөрүнүн түндүгүндөгү күрөң топурактуу аймактарында алар шыбак-эферем формацияларында; Фергана өрөөнүндөгү шыбактуу, туздуу жана чекенделүү чөлдөр ак жана күрөң топурактуу жер болуп саналат. Тоо этектериндеги бул кургакчыл түздүктөрдүн баары тең толук өздөштүрүлүп, жашыл оазистерге айландырылган. Азыр ал аймактарда жайгашкан айыл-кыштактар жана шаарлар туш-тарабынан техникалык, огороддук маданий өсүмдүктөргө, бак-шактарга жана эгин талааларына чулганып жатат. Чөлдөр – ар түрдүү кемирүүчүлөрдүн (сарычычкандын, кошаяктын) сойлоочулардын (ташбаканын, оп тартма жыландын, кескелдириктин) жана канаттуулардын (бозчымчыктын) мекени.

Тоо арасындагы (1300 – 2700 м) кескин кургак климаттуу ойдуңдуу капчыгайлардын кызыл-күрөң жер кыртыштарына (Кочкор, Жумгал Нарын, Атбашы, Каракоюн, Ысык-Көл, Алай, Алайкуу) чөл (шыбак, солянка, чекенди) жана талаа (бетеге, тулаң, көдөө) чөптөрү, Чүй, Талас жана Кемин өрөөндөрүнүн адырлуу түзөңдөрүнө тулаң чөптөр мүнөздүү. Белес, адыр ойдуңдары – Ички Теңир-Тоо жана Алай аймактарында дыйканчылык кылуунун (сугат жана кайрак жерлер) негизги фонду. Ал жерлерге дан эгиндери, тоют өсүмдүктөрү, огороддук маданий өсүмдүктөр айдалып, бак-дарактар отургузулган. Тоолуу аймактардын чөлдүү жана талаалуу экосистемаларга мүнөздүү жаныбарлар дүйнөсү тоо капталдарында өнүккөн тоолуу-талаа зонасынын фаунасына жакын келет. Ал жакта да, бул жакта да кемирүүчүлөр (талаа чычкандары, хомяктар), сойлоп жүрүүчүлөр (гадюкалар, сары жыландар, полоздор), канаттуулар (торгойлор, безбелдектер, тоодактар) жана жырткыч айбандар (карышкырлар, түлкүлөр, кашкулактар, күзөндөр) жашашат.Тоолуу талаалар өтө ар түрдүү келишип, өсүмдүктөрү жана жаныбарлар дүйнөсү жагынан бири-биринен кескин айырмаланып турушат.

Ички жана Борбордук Теңир-Тоонун бийик тоолуу (3100 – 3600 м)  ойдуңдарындагы шыраалжындуу талаалардын жер кыртыштары кызыл-күрөң топурактуу келип, дан өсүмдүктөрүнө бай. А бирок климатынын катаалдыгына байланыштуу ал жерлерге дыйканчылык кылууга болбойт, ошондуктан алар жайыт катары пайдаланылат.

Ландшафттары анчалык деле айырмаланып турбаган, дыйканчылык жана бакчылык кеңири өздөштүрүлгөн тоо алкактарындагы ойдуңдардан айырмаланып, бийик тоо капталдарында бийиктигине жараша даана айырмаланып өзгөрүлүп турган ар түркүн өсүмдүктөр өсөт. Мисалга айта турган болсок, жер кыртышы кара-күрөң топурактуу келген 1000 – 1600 м бийиктиктеги белестүү адырларда жана тоо этектеринде тоолуу-талаа өсүмдүктөрү кеңири таралган. Бөксө жана бийик тоолордогу түштүк тибиндеги тоолуу талааларды шалбаа чөптөрү каптап жатат. Түндүк тибиндеги талаалар үчүн (Түндүк жана Ички Теңир-Тоо, Алай өрөөнү) дыйканчылык үчүн пайдаланылуучу дан өсүмдүктөрү мүнөздүү. Ал эми республикабыздын Фергана өрөөнүндө белге жете буралган саванна чөптөрү өсөт. Алар тоют катары чаап алынат.

Тоо кыркаларынын (1000 – 1300 – 2000 – 3000 м) бир кыйла нымдуу келген түндүк жана түндүк-батыш капталдары шалбаалуу, токойлуу жана бадалдуу келет. Теңир-Тоонун көпчүлүк бөлүгүндө теңиртоо карагайлары, ал эми Талас менен Чаткалда пихта, Түркстан-Алай тоо кыркаларында арча кеңири таралган.

Фергана ойдуңун курчап жаткан Фергана, Ат-Ойноок жана Чаткал тоо кыркаларынын капталдарында сейрек учуроочу тандалган жаңгак-жемиш токою созулуп жатат. Анда жаңгак, алма, алчалар өсөт.

Алардын астында тоо-токой кыртыштары: жаңгак-жемиш токоюнун кара-күрөң, арча токоюнун каралжын түстүү, карагай токоюнун кара топурактуу кыртыштары жатат. Тоо-токойлордо аюу, сүлөөсүн, карышкыр, каман, арс чычкан, элик, ар түрдүү кемирүүчүлөр, канаттуулардан – тоңкулдак, кедровка, клёст бар.

Бийик тоо баштарындагы (2800 – 4200 м) тоо-шалбаа-талаа кыртыштарын кылымдардан бери жаткан тоң шартындагы (дээрлик 3000 м бийиктикте таралган) субальп жана альп шалбаалары каптап жатат. Жогорку бөлүгүндөгү жапыз жайыт чөптөрү өскөн бийик тоо капталдары жайкы жайыт катары пайдаланылат. Альп өсүмдүктөрү каптап жаткан зонадан жогору кеткен чек тоо тундрасын түзөт. Бул Ички жана Борбордук Теңир-Тоо аймагына мүнөздүү.

Бийик тоолуу аймактарды аркар-кулжалар, тоотекелер, ак илбирстер, суурлар, карышкырлар, бүркүттөр, жорулар жана уларлар мекендешет. Ар түрдүү кемирүүчүлөр да бар.

Кыргызстандын климаттык шарты анын географиялык абалы менен аныкталат. Кыргызстандын аймагынын негизги бөлүгү салкын климаттуу зонада жайгашкан, түштүк бөлүгү гана субтропиктик зонадан орун алган. Жер жүзүндөгү эң зор континенттин чок ортосунан орун алуу, океандар менен деңиздерден алыс болуу жана чөлгө жакын жайгашуу – булар Кыргызстандын климатын кургак, жыл мезгилдери бири-биринен кескин айырмалуу деп мүнөздөөгө боло турган факторлор болуп эсептелет. Рельефинин олуттуу айырмаланып турушу жана Ысык-Көлдүн болушу менен гана бул жердин климаты таптакыр эле кургак болуп калбастан, деңиз климаты менен алмашып турат.

Кыргызстандын климаты жаан-чачын анча көп жаабаган континенттик климат. Жылына болжол менен 247 күнү күнөстүү болуп саналат. Тоолордо жайкысын күн жаркырап чыгып, түшкө чейин жакшы тийгени менен, түштөн кийин туман басып турат, кээде жаан-чачын болот. Ойдуңдардагы аба ырайы январь айындагы– 4 – 6 С (21 – 24 F) кышкы температурадан тартып июлдагы 8 0 12 С (45 – 54 F) чейин өзгөрүлүп турат. Кыш мезгилинде кар калың түшөт.

Теңир-Тоо аймагындагы климат кескин континеттик: жайкысын тоо этектеринде жана өрөөндөрдө күн ысык болот да, бийик тоолуу зонада салкын, ал тургай, суук болот. Бул регионго кыш кеңдигинин да кескин өзгөрүүсү мүнөздүү: күндүзү температура тез-тез өзгөрүлмө, булутсуз асман чайыттай ачык болуп турганы менен карандай суугу катуу. Күнөстүү күндөрдүн орточо жылдык узактыгы 2500 – 2700 саат. Күн ачылбай, булут баскан бүркөк мезгил март – апрель айларына мүнөздүү. Ал эми жамгыры аз учур август – сентябрь айларына туура келет. Жаан-чачындын жылдык өлчөмү 200 – 300 мм-ден 1600 мм-ге чейин кескин өзгөрүп турат.

Жаан-чачындын максималдуу өлчөмү жайдын биринчи жарымында жаайт. Теңир- Тоонун өзгөчөлүү микроклиматы Ысык-Көлдү курчап жаткан Ала-Тоо тоо кыркаларында калыптанат.

Кыргыз Республикасы – тоолуу өлкө. Анын аймагынын 94,2%и деңиз деңгээлинен 1000 м бийиктикте, ал эми 40,8%и – 3000 м бийиктикте жайгашкан. Деңиз деңгээлинен орточо бийиктиги – 2750 м, эң жогорку бийиктиги – 7439 м, эң төмөн бийиктиги – 401,0 м. Тоо бийиктигинин кенен жайылышы, жеринин татаалдыгы, геологиялык жактан узакка созулган өнүгүүсү жана башка факторлор Кыргызстандын жаратылыш шарттарынын көп түрдүүлүгүн, табигый ресурстарынын байлыгын шарттап турат. Республиканын аймагында, тропикти кошпогондо, түндүк жарым шарына мүнөздүү  табигый аймактардын баары тең кездешет.

Ландшафттарынын мүнөзү жана чарбалык жактан пайдаланылышы жагынан бири-биринен кескин айырмаланып турушкан асман тиреген тоо кыркалары жана тоо арасындагы жарым-жартылай туюк жана толук туюк келген ойдуңдар өлкөнүн жалпы көрүнүшүн, табигый өзгөчөлүктөрүн аныктап турат.

Республиканын аймагынын бир кыйла бийик көтөрүлүп турган бөлүгү анын чыгыш тарабы. Ал жактагы Кытай менен чектешкен тоо тутумдарында бүткүл Теңир-Тоо тоо кыркаларынын эң бийик чекиттери – Жеңиш чокусу (7439 м) жана Хан-Теңири (6995 м) көк тиреп турат. Дал ушул туштан тоо кыркалары батышты жана түштүк-батышты карай салааланып кетип, негизинен 300 – 400 км чейинки жазылыкта созулуп жатат. Ошол эле багытта бийиктиктери акырындан пастап жүрүп отурат.

Чокуларынын бийиктиги 4500 – 7000 м жеткен асман тиреген зор тоо кыркалары Теңир-Тоонун четки бөлүктөрүндө жайгашкан. Алар        түштүк-чыгыштагы Какшаал-Тоо, түштүк-батыштагы Алай жана Түркстан, түндүк-батыштагы жана түндүктөгү Талас жана Кыргыз тоо кыркалары, түндүк-чыгыштагы Күнгөй Ала-Тоо. Республиканын Тажикстан менен чектешкен түштүк чекарасында Чоң-Алай кырка тоолору асман тирейт. Анда Кыргызстандын тоолорунун экинчи бийик чокусу – Ленин чокусу (7134 м) жайгашкан.

Кыргызстандын аймагы геологиялык өнүгүү тарыхы узак мезгилди камтыган Урал-Монгол алкагынын курамына кирет. Теңир-Тоо үчүн палеозой жана соңку кайназой этаптары бир кыйла маанилүү өнүгүү этаптары болуп саналат. Өлкөбүздүн азыркы кездеги бийик тоолуу рельефи соңку кайнозой доорунда жаралган. Тоолордун жаралуу процесси ушул тапта да жүрүп жатат. Аны жер титирөөлөр ырастап турат.

Бийик тоолуу кыргыз деңизи Ысык-Көл Ички Теңир-Тоонун койнундагы зор тектоникалык ойдуңдун түбүндө, деңиз деңгээлинен 1606,7 м бийиктикте жайгашкан. Ысык-Көлдүн түштүк тарабынан Тескей Ала-Тоо, түндүк тарабынан Күнгөй Ала-Тоо тоо кыркалары чалкайып курчап жатат. Ысык-Көл башка көлдөрдөн өзүнүн географиялык жайгашуусу, климаттык жана гидрологиялык шарттары жагынан айырмаланып турат.

Ысык-Көл бассейни кеңдик багытта керилип жаткан сүйрү чуңкур. Анын батыштан чыгышты карай созулуп жаткан максималдуу өлчөмү – 252 км, ал эми түндүктөн түштүктү карай – 146 км. Ысык-Көлдү түштүк жагынан айланта курчап жаткан Тескей Ала-Тоонун ортоңку бөлүгүнүн бийиктиги 5200 м чейин жетет, ал эми көлдүн деңгээлинен ал 3600 м бийиктик кылат. Ысык-Көлдү чулгап жаткан тоо кыркаларынын бир кыйла бийик бөлүктөрүндө зор аянттардагы калың кар катмары жана мөңгүлөр каптап жатат. Көл айланасында тоо этектеринен тартып жээкке чейин созулган анчалык кең эмес түздүк тилкеси жатат. Ал түздүктү ар кайсы жерлеринен мөңгүлөрдөн агып чыккан суулар кесип өтөт. Ысык-Көлдүн формасы негизи түштүктү караган трапецияны элестетип турат. Соңку изилдөөлөр боюнча, көлдүн узундугу –178 км, туурасы – 60,1 км, аянты – 6236 чарчы км, жээк чегинин узундугу – 688 км, эң терең жери – 669 м, орточо тереңдиги – 278,4 м.

Ысык-Көлдүн бассейнинин аянты – 22080 чарчы км түзөт. Анын 6236 чарчы км көлдүн өзүнө, ал эми 3092 чарчы км көл кылаасындагы     түздүккө тиешелүү. Бийик тоолуу зона көлгө келип куюучу суулардын башаты болуп саналат; ага жылына 800 – 1000 мм жаан-чачын жаайт, ал эми көлгө 100дөн 400 мм чейин жаан-чачын жаайт. Ысык-Көл бассейниндеги мөңгүлөр 650,4 чарчы км аянтты ээлеп, көлгө агып келип куйган суунун жылдык өлчөмүнүн 40%ин, жайкысын – 63%тен ашуунун түзөт. Ысык-Көлгө негизинен Жыргалаң, Түп, Каракол, Жууку, Тоң, Жети-¤гүз, Чоң-Ак-Суу, Чоң-Кызыл-Суу, Ак-Терек, Барскоон, Туура-Суу суулары агып келип куят. Бул суулардын жылдык орточо чыгымы 3 куб м сек. ашат. Агын суулардын басымдуу бөлүгү сугатка жана өнөржай-тиричилик керектөөлөрүнө сарпталат, ошондуктан майдалары көлгө чейин жетпей калат. Бардык суулардын жылдык жалпы агымынын суммасы 3720 млн. куб/м түзөт.

Ысык-Көлдүн жээктери булуң-буйткалуу. Кургактыкты көздөй бир кыйла терең кирип кеткен булуңдарга туташ жаңыдан пайда болуп келаткан буйткалар бар, ал эми жарым аралчалар, эреже катары, тектоникалык көтөрүлүүлөрдөн  улам пайда болгон. Түштүк жээктериндеги булуңдар суу өрөөндөрүндөгү алабдардын суу түбүндө калуусунан жаралган.  Көл жээктеринде бардыгы болуп 20дай булуң-буйткалар бар.

Ысык-Көл – ажайып кооз көл. Ошол себептүү аны «Кыргыз бермети» деп аташат. Көл суусунун тунуктугу жана чайыттай ачык тийген      күндүн нуру Ысык-Көлдүн түсүн назик көгүлтүр түстөн тартып кочкул-көк түскө чейин кулпунтуп турат. Органогендик бөлүкчөлөрдүн толкунга чайпалышынан жана балырлардын чагылышуусунан, суу агымдарынан улам жээктеги суунун түсү көк-жашыл түстөн тартып ачык жашыл жана көгүш түскө чейин кулпуруп көрүнөт. Көл суусунун тепературасы кышкысын 4,2 – 5,0 . Июль – август айларында көлдүн бети 18 – 20 ка чейин жылыйт. Ысык-Көлдө катуу шамал көп болот. Балыктын түрлөрү анча көп эмес. Ысык-Көл балыктарынын 12 түрүнүн 4 түрү эндемиктер – жылаңач осман, маринка, чабак, майда чабактар.

Севан көлүнөн алынып келинген форель, судак, лещ жана карп Ысык-Көлгө тез эле көнүп кетти. Ысык-Көл балык чарбасын өнүктүрүү максатында балык промыселин келечекте жылына 12 миңге чейин жеткирүү белгиленди.